Le problème décrit dans la question se produit lorsqu'un document vide / nouveau est défini sur “ANSI”, et que des caractères Unicode y sont collés.
Il n'y a pas d'auto-détection lorsqu'il est utilisé avec un document vide / nouveau, du moins pas dans la version du Notepad++ sur laquelle je l'ai testé (v5.4.5). “ANSI” est la valeur par défaut dans Notepad++ pour un nouveau document, sauf si elle est définie dans le menu Settings → Preferences → onglet New Document/Open Save Directory.
Solution
La solution est de régler l'encodage sur UTF-8 avant de coller, menu Format → Encoder en UTF-8 :
Exemple
J'ai copié du texte dans un nouveau document Notepad++, Russien (русский язык, russkiy yazyk), de Firefox montrant la page Wikipedia langue russe _.
Si l'encodage est non modifié par rapport à “ANSI”, voici le résultat :
Si l'encodage est modifié, voici le résultat :
Comme on peut le voir dans la figure ci-dessous (la partie cyrillique est surlignée), Notepad++ convertit en fait les caractères Unicode en ASCII 63 (hexadécimal 3F), points d'interrogation. C'est pourquoi les caractères Unicode sont perdus (en mode “ANSI”) lors de la copie du texte dans le presse-papiers (ce n'est pas un problème de police - l'information est perdue).
Testé sur : Notepad++ v5.4.5 (UNICODE).